其一，定口岸、分主次。
不越浙、閩、粵三省地界，從根源規避各省督撫轄地爭端。
定格口岸層級，確立“一主一副三輔”的完整通商體系。以太倉劉家港為江南市舶總司，定為江南唯一遠洋出海口岸，凡南洋、西洋遠洋商船，皆須於此報關出洋、返航核驗，統歸一處管控。
茲定應天龍江關為留都南京樞口岸。凡海外諸國貢使、番邦方物，必先抵此關查驗登簿，循例抽分課稅，點驗入庫存案；一應貢物處置妥當，方許轉運分銷內地諸府。藉此規制，以固留都南都政要、財賦、外交往來之核心體制。
另設鎮江黃田港、松江上海浦、蕪湖江口三處輔助港口，分別執掌內河貨流轉運、近海小額貿易、長江上游海事稽查，封堵民間私販走私通道。
其二，立官制、明權責。
沿用歷代市舶司“文官理政、內廷監察、武官防衛”的制衡舊制，權責分立，相互稽查，互不專擅，杜絕權責疏漏與官吏專權。
於劉家港設立市舶提舉司主衙，設從五品提舉一員、從六品副提舉兩員，分掌商船報關、稅銀收繳、船引核發、賬冊稽核諸事。
於龍江關設立市舶分司，專司留都貢使接待、番貨總核、稅冊複核，將通商核心財權、事權牢牢掌控於留都體系。
由司禮監選派提督市舶太監常駐龍江關，專理皇家採辦、貢禮查驗、官吏監察，可直達聖前奏事，直通天聽。同時令蘇松兵備道、操江都御史統轄沿江衛所、水師營兵，專職負責江面巡哨、海防緝私、寇盜抓捕。
南京六部各司其職，分督辦工料籌備、朝貢禮儀、稅銀核銷、海防整飭等要務，自成完備規制。
其三，定稅則、明律法。
盡數廢除江南沿海各地混亂私稅、陋規雜稅，由戶部統一核定江南通商稅則，立定船引稅、水餉、陸餉、番貨抽分四項定製，稅率公示明晰，所有稅銀盡數入賬、涓滴歸公。
嚴立商船出海規制。凡出海舟船，必先赴市舶司申領官方船引，詳實登記船號、船員人數、載貨品類、往返時限，無引私行船隻，一概按私寇論處，盡數查抄扣押。
凡海外番貨上岸，逐件核驗品類、數量，依規足額抽稅，嚴禁商船夾帶兵器、硝磺、禁書等違禁物件，所有完稅銀兩悉數上繳太倉國庫，納入朝廷正項開支。
其四，編民籍、用熟手。
既往涉案的海上私梟、商船船主、市井牙人、資深舵工，盡數赦免前罪、剔除私犯籍冊，統一錄入市舶司專屬海事戶籍，由官府擇優甄別錄用。
凡熟諳遠洋海路、通曉番貨品類、精通江海汛情、深諳海事規矩者，一律授以海事吏、船務嚮導、貨棧巡檢等職，各司其職、按勞給俸、依規履職。
此舉將昔日遊走法外的海事熟手，盡數轉化為朝廷合規可用的海事官吏，既消解歷年沿海私販隱患，又補足官府海事人才匱乏的短板。
其五，嚴海防、絕倭患。
細化水師巡海規制，明確江海巡防疆界，長江口及近海海域按月輪值、分班巡哨，遍設烽堠預警、口岸門禁關卡，從嚴盤查無引黑船、陌生番船、倭寇奸細，嚴防私通外夷、海上作亂。
新政秉持通商與海防並重的準則，開海而不弛武備、利民而不縱奸弊，徹底破除前朝“海禁嚴苛則寇盜四起，開海通商則海防廢弛”的兩極弊病，從根本上肅清東南倭患、安定沿海疆土。
制度既定，接下來便是最耗費財力人力的口岸修繕、碼頭重建、貨場塌坊、官署驛館營建之事。
朝野上下，江南文武皆暗自揣測，新政初行，多處碼頭翻新，官署營建需耗費海量工料銀兩，府庫空虛、國庫拮据，朝廷必然要調撥鉅款，加徵賦稅方能支撐工程。
甚至不少守舊官員早已備好說辭，只待秦浩然耗資靡費、民生怨道，便即刻上疏彈劾，攻訐新政勞民傷財。
可無人料到，秦浩然早已算盡全盤，以商興埠、以埠規商的絕頂權謀之法。
沿襲“官督商捐、認股承修”的舊例，更推陳出新，以拍賣承租之制徹底盤活口岸資產，穩固新政根基。
新政公示三日後，秦浩然傳令江南所有曾涉案走私、捐資陳情的商號、船行、牙行，以及江南有名的富商巨賈、本土望族，盡數齊聚應天巡撫衙署前廣場，公開頒佈口岸營建與承租規制。
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