許銘連忙開啟電腦，調出他們三個多月的心血，一個簡陋的軟體雛形，裡面佈滿了密密麻麻的程式碼和資料，還有很多標註的錯誤和疑問。
肖宿快速瀏覽著，手指在鍵盤上輕輕敲擊，偶爾停下來打量一下。
一旁的許銘緊張的看著他，連呼吸都變輕了許多。
“你們第一步算的是什麼？”肖宿問。
“分子座標，從輸入檔案裡讀取原子型別和核座標，然後構造成距離矩陣。”
“距離矩陣之後呢？”
許銘猶豫了一下。
“按照論文裡的思路，我們把距離矩陣對映到辛幾何空間，這一步我們卡了很久，因為映射出來的結構總是不對。後來又參考了顧辛幾何那篇論文裡關於拉格朗日子流形的構造方法，才算勉強跑通了。”
肖宿沒有評價勉強跑通這四個字。
他把幾何對映模組的程式碼展開，螢幕上出現了大約三百行C++。
他的目光從函式簽名開始往下走，在某一行停了下來。
“這裡，你們在構造辛流形的時候，直接把原子核座標當成了辛流形上的點。
但論文裡寫的是把電子密度分佈視為辛流形上的一個截面，化學鍵對應的是這個截面上的拉格朗日子流形。
原子核的位置只是邊界條件，不是對映物件本身。”
許銘湊近螢幕。
肖宿游標停著的那一行，正是他們構造初始流形的construct Initial nifold函式，裡面第一個引數是nuclear Coordinates。
“你的意思是，我們從頭就把對映物件搞錯了？”
“不是全錯。”
肖宿說：
“原子核座標決定了電子密度分佈的邊界，所以不是沒用。
但是直接拿原子核座標去做幾何對映，資訊維度是完全不夠的。”
許銘的後背開始發涼。
三個多月。
他們花了三個多月在這個框架上，反覆除錯對映精度，換過三種不同的辛流形構造方法，甚至他們三個還專門啃了一遍顧辛幾何的論文，就為了把那一段的數學工具用對。
結果肖宿告訴他，他們連對映的物件都沒找對。
肖宿繼續往下翻程式碼。
到了群表示分解模組的時候，他又停了下來。
這次停得更快，幾乎是一展開就停了。
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