直魯聯軍主將倉皇出逃，絲毫不遮掩行蹤，這直接導致城內直魯聯軍士兵紛紛失控，開始在城內街巷之中大肆劫掠商鋪，民宅，租界等
24日上午八時，天色已然大亮，北伐三路大軍整齊列隊，從中華門，通濟門，洪武門三座城門有序進城。
進城之後，北伐軍立刻封鎖了全城的交通要道，以及城牆出入口，清繳散落的聯軍潰兵，收繳被聯軍遺棄的槍械以及各種軍事物資。
入了城之後，李雲龍立刻派第18軍接管江蘇省督辦公署和銀行，畢竟這兩個地方，一個有軍事資料，另一個則有大量錢財，能為後續之事有所助力。
3月24日，隨著東南重鎮南京光復，孫傳方苦心經營的五省聯軍體系徹底土崩瓦解，其嫡系主力盡數被北伐軍殲滅，僅有數千人狼狽逃竄至蘇北，依附於張宗唱的直魯聯軍苟延殘喘。
至此，北伐軍從廣州一隅之地，收復了西起宜昌，東至上海的長江以南廣大地區，將中華的半壁江山全部納入到了國民政府的統治之下。
1927年3月25日，江左軍第7軍李宗人部渡江追擊直魯殘部，攻佔了江北重鎮浦口，摧毀了北洋軍江北灘頭陣地，前鋒繼續向前推進，
3月27日，第七軍前鋒推進至滁州、全椒一線，與張宗唱派來的增援直魯聯軍主力隔著淮河進行對峙。
4月初，北伐軍攻勢停滯，一方面，由於南京事件引發了帝國主義武裝干涉北伐軍進軍，列強將80餘艘雲集於長江下游，炮口正對南京，總司令怕貿然北進會遭到軍艦的炮擊，於是命令部隊停滯不前。
4月5日，總司令召集以黃埔保定等嫡系軍事集團於上海召開會議，會議之上，其怒斥武漢國民政府獨斷專行，決定帶領眾人領立“南京國民政府。”
會議之後，李雲龍立刻修書一封，交給親衛隊副隊長佘延康，讓他立刻轉交……
時間至4月中旬，南京國民政府和武漢國民政府各自控制一部分北伐軍，走上了完全不同的革命路線。
南京方面，將所轄北伐軍整編為了三路。
第一路軍由何應親任總指揮，下轄第1，第14，第17，第26軍等，佈防於滬寧鐵路沿線，負責北伐軍東線防務。
第二陸軍由總司令四接總指揮，下轄第2，第18，第40軍等，沿京浦鐵路向北推進。
第三路軍由李宗人任總指揮，下轄第7，第10，第33軍等，負責安徽北部，山東西部方向的作戰。
與此同時，武漢國民政府宣佈開除其黨籍，免去其所有職務，將武漢國民政府所轄北伐軍，包括第8軍，第4軍，第11軍，第35軍，第36軍共計約15萬人，整編為第四集團軍，
在武昌南湖舉行二期北伐誓師大會，決定讓第四集團軍沿京漢鐵路北上，進攻河南張作林的奉軍，聯合馮玉祥的國民軍前後夾擊，拿下河南鄭州。
同時以少數兵力駐防鄂東、皖西，防備南京方面軍隊西犯。
4月下旬，南京方面的北伐第二路軍沿著京浦路北上，李雲龍率領第18軍連克蚌埠宿縣，4月26日又攻佔了徐州，沿途俘虜眾多，李雲龍當即向總司令請願，要求把兩個師擴編為三個師。
總司令立刻下令，同意了李雲龍的訴求，於是李雲龍在本就彪悍的徐州城內，招募了近5000人的部隊。
第18軍一下擴充至將近兩萬人。
休整完畢之後，北伐軍繼續向山東南部前進，與張宗唱的直魯聯軍，孫傳方的殘部進行對峙。
5月上旬，南京方面三路北伐軍繼續向北推進，何應欽東路軍攻打蘇北沿海地區，總司令中路軍沿著津浦路繼續進攻魯南地區，李宗人西路軍進攻魯西南地區。
5月下旬，南京方面的北伐軍先後攻克山東棗莊、臺兒莊、郯城，前鋒逼近臨沂、兗州 。
與此同時，武漢方面的第四集團軍也沒閒著，從4月底至5月中旬，第四集團軍主力進入了河南，與張作林的奉軍主力在汝南、上蔡、臨潁一線展開了激烈的決戰。
其中臨穎戰役最為慘烈，張發葵率領第4軍、第11軍血戰三晝夜，才擊潰奉軍精銳第17軍，斃傷俘敵近萬餘人。
5月下旬，河南戰役基本大局已定，武漢國民政府正式透過“東征討醬”的決議，將戰略目標從繼續北伐轉向為先定內亂，調集武漢方面北伐軍主力，沿長江東下直逼南京側北。
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